Morsi sinh ra ở tỉnh Sharqia, miền bắc Ai Cập. Ông tốt nghiệp cử nhân và Thạc sĩ kỹ thuật tại Đại học Cairo lần lượt vào năm 1975 và 1978. Ông nhận bằng tiến sĩ kỹ thuật của Đại học Nam California vào năm 1982. Từ 1982 đến 1985, ông là trợ lý giáo sư tại Đại học bang California, Northridge. Năm 1985, ông trở về Ai Cập để giảng dạy tại Đại học Zagazig[24]. Hai trong số năm người con của ông được sinh ra tại California và là công dân Mỹ do được sinh ra ở Mỹ[25].